Puerto Hondo está ubicado en la provincia del Guayas. Desde Guayaquil se toma cualquier autobús que vaya a la región de Playas para después de 40 minutos quedarse en el kilómetro 17 ½, allí está la comunidad de Puerto Hondo. El Centro de Interpretación del proyecto se encuentra a unos 200 metros de la carretera, y el reconocimiento del lugar se lo hace en bote.
En la zona predomina el ecosistema del manglar, grandes árboles que crecen en los estuarios, donde el agua dulce y salada se combinan, siendo el hábitat perfecto para crustáceos, peces y algunas especies de aves. El clima es cálido-tropical con temperaturas que oscilan entre los 17 y 24°c.
